وضمت الأوقاف كلا من مسجد نور الإسلام بباكوس التابع لإدارة أوقاف شرق الإسكندرية، وهو أحد أهم وأخطر المساجد وأصبح خاضعًا لوزارة الأوقاف، ومسجد السلام بجوار شريط القطار أمام فيصل التابع لإدارة أوقاف المنتزه.
وشملت القائمة أيضًا زاوية الوعى الإسلامى بشارع شيديا الإبراهيمية التابع لإدارة أوقاف وسط الإسكندرية، وزاوية عمر بن الخطاب بالنخيل 6 أكتوبر التابع لإدارة أوقاف العجمى وكان يسيطر عليها الإخوان، وأصبحت خاضعة للوزارة، وزاوية آل البيت بميامى التابع لإدارة أوقاف المنتزه، وكانت تقام بها دروس يومية بدون تصريح لجماعات التشدد والتطرف وتمت السيطرة عليها.
وشملت القائمة أيضًا مسجد الشهداء، شارع قصر رأس التين الأنفوشى التابع لإدارة أوقاف الجمرك، وكانت تسيطر عليه جمعية مصباح الخير وأصبح الآن تحت إشراف الوزارة وتم إبعاد الجمعية وأصحاب الفكر المتشدد.